В правительстве Карелии на ключевых постах работает более 10 приглашенных губернатором Александром Худилайненом «варягов». По мнению депутата республиканского парламента Светланы Логиновой, это негативно сказывается на развитии региона: «варяги» не принимают реальных решений и остаются глухими к проблемам региона. Депутат заксобрания Карелии Анна Позднякова уверена, что команде Худилайнена мешают работать не «варяги», а местные чиновники. Политолог Александр Ильин считает, что присутствие «варягов» не отражается на работе правительства республики ни в лучшую, ни в худшую сторону.
В Петрозаводске митинг против повышения тарифов на проезд в общественном транспорте перерос в антигубернаторские выступления. «Петрозаводск - не пригород Питера!», «Питерцы, перестаньте вредить!», «Худилайнен, определись: за народ или за перевозчиков?» - такие лозунги звучали у здания правительства республики, где собралось около 500 человек.
Глава Петрозаводска Галина Ширшина заявила, что ее не устраивают отношения с губернатором Карелии Александром Худилайненом. По ее словам, глава республики даже не может подписать соглашение с администрацией города о ремонте дорог. Ранее у мэра уже был конфликт с республиканской властью, после которого она запретила подчиненным посещать совещания замгубернатора Олега Громова.
Глава Петрозаводска Галина Ширшина запретила своим подчиненным посещать совещания, которые проводит замгубернатора Карелии Олег Громов. Сама она также отказывается появляться на этих мероприятиях. По ее словам, это связано с тем, что Громов всячески пытается спровоцировать конфликт между республиканской и городской властями, между ней и губернатором Александром Худилайненом.
Во время отчета о деятельности правительства глава Карелии Александр Худилайнен признался, что в республике по-прежнему остается нерешенным ряд проблем: плохие дороги и низкое качество медицинских услуг, недостаточная газификация региона, а также не в полной мере развиты транспортная и энергетическая инфраструктура. Все это, по словам Худилайнена, негативно сказывается на притоке инвестиций в республику. Слушавшие отчет депутаты уверены, что для решения вышеназванных задач необходимо «повышать качество управления» республикой.
Главе Республики Карелия Александру Худилайнену предлагают ликвидировать региональное министерство юстиций. С данной инициативой выступил депутат республиканского парламента Александр Степанов, который предложил расформировать ведомство вслед за отставкой его руководителя. «Клуб Регионов» поинтересовался мнением экспертов о том, нужны ли в регионах такие министерства.
Глава Карелии Александр Худилайнен заявил, что «улучшил демографическую ситуацию» в республике, прописавшись в Петрозаводске. До этого глава республики был прописан не в регионе, где правит, а в Ленинградской области. Ранее Худилайнен раскритиковал своих подчиненных за «виртуозное нерешение» вопросов по улучшению демографической ситуации.
Эффективность губернатора Карелии Александра Худилайнена, по данным экспертов Фонда развития гражданского общества, ниже среднего. По этому показателю в соответствующем рейтинге губернаторов Худилайнен занимает фактически последнее место, т.к. стоящие ниже его главы Удмуртии и Курганской области к моменту публикации рейтинга были отправлены в отставку. Самыми эффективными эксперты посчитали главу Ямала Дмитрия Кобылкина, калужского губернатора Анатолия Артамонова и президента Татарии Рустама Минниханова.
С 1 сентября 2014г. в школах Карелии вводится единая форма одежды учащихся. Соответствующее постановление подписал глава республики Александр Худилайнен. Чересчур жестких требований к одежде нет, однако в постановлении особо подчеркивается, что внешний вид школьников должен носить светский характер.
Главам регионов разрешили увольнять своих заместителей, не соблюдая при этом нормы Трудового кодекса и не объясняя причин. Такое решение принял Конституционный суд РФ в ответ на обращение главы Карелии Александра Худилайнена, которого ранее Верховный суд республики заставил восстановить в должности уволенного вице-премьера Александра Чаженгина.